Обычно на веб-сайтах, когда пользователь хочет навсегда удалить свою учетную запись, необходимо ли удалить эту учетную запись также из резервных копий, чтобы избежать нежелательной повторной активации в случае восстановления резервной копии?
Нет, вы не хотите возиться с предыдущими резервными копиями. Следующая сделанная резервная копия больше не будет содержать удаленного пользователя. Ваши резервные копии должны быть достаточно частыми, чтобы, если вам нужно восстановить одну, не было слишком много работы для повторения (например, повторного удаления пользователей).
Я бы не стал возиться с резервными копиями (не подвергайте риску свой запасной вариант!). При необходимости вы можете делать отдельные, более частые резервные копии данных учетных записей.