Microsoft SC VMM 2008 R2 не имеет возможности компактного виртуального жесткого диска
Я не могу понять, как сжать VHD с помощью Microsoft System Center Virtual Machine Manager 2008 R2. Просмотр статьи Уменьшите размер вашего VHD кажется, это было бы просто сделать. Однако я не вижу ни одного из тех флажков, которые показаны в статье.
В статье упоминается, что сначала необходимо удалить все контрольные точки, я следил за этой информацией и удалил контрольные точки.
Вот что я вижу 
Это кажется ограничением с точки зрения виртуализации IDE. Если жесткий диск подключен к адаптеру IDE, виртуальную машину необходимо остановить, прежде чем можно будет внести какие-либо изменения на жесткий диск.
http://technet.microsoft.com/en-us/library/dd353280.aspx
Причина, по которой вы не видите варианты, вероятно, связана с запущенной виртуальной машиной.
Вот скриншот моих свойств виртуальной машины для работающей виртуальной машины с IDE в качестве конфигурации хранилища. 
Надеюсь это поможет!
Между вчерашним днем и сегодня утром внутри SC VMM без моего участия произошло 2 вещи:
- невидимые флажки появились в свойствах виртуальной машины.
- объем диска, выделенного для машины, которую я хотел сжать, уменьшился почти вдвое.
Объединив это наблюдение с информацией, которую я прочитал вчера, что удаление контрольных точек - медленный процесс, похоже, что я удалил контрольные точки, но они не были удалены физически. Что в любой момент VHD имеет контрольные точки, в любом состоянии он отключает доступ к этим элементам управления диском.