Проблема новая для LAMP, и вы хотите протестировать конфигурацию системы с помощью любого автоматического контрольного списка.
Какие-либо предложения?
Bastille Linux приходит в голову.
Это не специфично для LAMP как такового, но, вероятно, это хорошее место для начала.
Есть еще один Инструмент аудита безопасности конфигурации PHP который может оказаться полезным (и я буду признателен за любые предложения, которые у вас есть :)