Как установить NTP-сервер, используемый Windows Server 2008?
Перейти к Начало меню, установите Время и дата в разделе Часы, язык и регион, Интернет-время вкладка Изменить настройки и поместите свой ntp-сервер в поле Server.
Зависит от того, зачем вы это делаете. Если вы говорите об автономном сервере, следуйте инструкциям, приведенным в других ответах. Если вы работаете в среде AD, имейте в виду, что только контроллер домена, который выполняет роль эмулятора PDC, должен иметь явно установленный сервер NTP; каждый второй сервер (и клиент) должен не иметь установленный NTP-сервер - вообще. Это необходимо для того, чтобы действовала правильная доменная иерархия NTP.
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc773263%28WS.10%29.aspx
Вот почему нам нужна дополнительная информация - мы можем дать вам правильный ответ на ваш конкретный вопрос, но правильный или опасный ответ для вашей среды будет зависеть от вашей среды, и только вы можете нам это сообщить.
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc773263(WS.10).aspx
w32tm /config /manualpeerlist:<time server to use>
может делать то, о чем вы просите.