Что-нибудь делает в файле конфигурации Apache (например, ServerAlias, RewriteRule, ...), в котором есть строка с подстановочными знаками, например
*.example.com
также включить корень
example.com
или мне нужно отдельно добавить эту запись (например, ServerAlias *.example.com example.com)?
Нет *.example.com не совпадает example.com. Вам не хватает хотя бы точки, понимаете? Прямо перед «примером».
Изменить: Apache документация поддерживая это. Фактически, они специально советуют использовать ServerAlias:
ServerName www.example.com
ServerAlias example.com *.example.com