Есть ли способ зашифровать папку, а не весь диск с помощью Bitlocker при использовании Windows Server 2008 R2?
Только не с BitLocker. BitLocker выполняет полное шифрование диска. Вы можете использовать собственный инструмент шифрования файлов, который использовался в нескольких версиях Windows Server. Видеть Включение шифрования файлов (MSDN).