Есть ли способ измерить производительность на монтировании на основе FUSE, которое монтируется через долго работающий исполняемый файл (ни одно устройство не используется, ни /etc/fstab запись добавлена)?
В монтировании FUSE нет ничего особенного с точки зрения тестирования - это просто файловая система.
Используйте bonnie, fio, что угодно.