Невозможно синхронизировать файловую систему без перезагрузки

У меня проблема с сервером Linux. Раз в неделю работающий экземпляр mysql зависает, и его невозможно полностью остановить. Если я убью его, он останется в статусе зомби, и init не получит свой pid.

Сервер используется для промежуточных развертываний и некоторых внутренних инструментов, поэтому он не испытывает большой нагрузки. Единственный процесс постоянно использовал id mysql, и поэтому я думаю, что это единственный процесс, который страдает от этой проблемы.

Я поискал ошибки в системных журналах и нашел только эту ошибку (повторяющуюся пару раз) в выводе dmesg:

[706560.640085] INFO: task mysqld:31965 blocked for more than 120 seconds.
[706560.640198] "echo 0 > /proc/sys/kernel/hung_task_timeout_secs" disables this message.
[706560.640312] mysqld          D ffff88032fd93f40     0 31965      1 0x00000000
[706560.640317]  ffff880242a27d18 0000000000000086 ffff88031a50dd00 ffff880242a27fd8
[706560.640321]  ffff880242a27fd8 ffff880242a27fd8 ffff88031e549740 ffff88031a50dd00
[706560.640325]  ffff88031a50dd00 ffff88032fd947f8 0000000000000002 ffffffff8112f250
[706560.640328] Call Trace:
[706560.640338]  [<ffffffff8112f250>] ? __lock_page+0x70/0x70
[706560.640344]  [<ffffffff816cb1b9>] schedule+0x29/0x70
[706560.640347]  [<ffffffff816cb28f>] io_schedule+0x8f/0xd0
[706560.640350]  [<ffffffff8112f25e>] sleep_on_page+0xe/0x20
[706560.640353]  [<ffffffff816c9900>] __wait_on_bit+0x60/0x90
[706560.640356]  [<ffffffff8112f390>] wait_on_page_bit+0x80/0x90
[706560.640360]  [<ffffffff8107dce0>] ? autoremove_wake_function+0x40/0x40
[706560.640363]  [<ffffffff8112f891>] filemap_fdatawait_range+0x101/0x190
[706560.640366]  [<ffffffff81130975>] filemap_write_and_wait_range+0x65/0x70
[706560.640371]  [<ffffffff8122e441>] ext4_sync_file+0x71/0x320
[706560.640376]  [<ffffffff811c3e6d>] do_fsync+0x5d/0x90
[706560.640379]  [<ffffffff811c40d0>] sys_fsync+0x10/0x20
[706560.640383]  [<ffffffff816d495d>] system_call_fastpath+0x1a/0x1f

Когда это происходит, единственный способ заставить все снова работать - это полная перезагрузка, но для этого я вынужден использовать эту команду после того, как вручную остановил все запущенные процессы.

echo b > /proc/sysrq-trigger

в противном случае нормальный процесс перезагрузки зависает навсегда. Я отслеживал сценарий перезагрузки и обнаружил, что процесс перезагрузки также зависает при вызове синхронизации, на этот раз в /etc/init.d/sendsigs (Я на убунту)

# Flush the kernel I/O buffer before we start to kill
# processes, to make sure the IO of already stopped services to
# not slow down the remaining processes to a point where they
# are accidentily killed with SIGKILL because they did not
# manage to shut down in time.
sync

Я почти уверен, что причиной этого является проблема с оборудованием (RAID-контроллер ???) также потому, что у меня есть две другие машины с такой же аппаратной и программной конфигурацией, и они не страдают от этого, но я могу '' Не найду подсказок в syslog или dmesg. Я также установил пакеты smartmontools и mcelog, но ни один из них не сообщил о каких-либо проблемах.

Что я могу сделать, чтобы отследить причину этой проблемы?

Сегодня случилось снова, вот статус системы после перезагрузки

init─┬─console-kit-dae───64*[{console-kit-dae}]
     ├─dbus-daemon
     ├─mcelog
     ├─mysqld───{mysqld}
     ├─newrelic-daemon───newrelic-daemon───11*[{newrelic-daemon}]
     ├─ntpd
     ├─polkitd───{polkitd}
     ├─python3
     ├─rpc.idmapd
     ├─rpc.statd
     ├─rpcbind
     ├─sh───rc───S20sendsigs───sync
     ├─smartd
     ├─snmpd
     ├─sshd───sshd───zsh───sudo───zsh───pstree
     └─sshd───sshd───zsh───sudo───zsh

А вот статус процесса синхронизации

# ps aux | grep sync
root      3637  0.1  0.0   4352   372 ?        D    05:53   0:00 sync

то есть беспрерывный сон ...

Технические характеристики оборудования по данным lshw

Я думаю, что рейд-контроллер - это поддельный рейд. Обычно я не занимаюсь аппаратным обеспечением (и, кстати, у меня нет физического доступа к нему)

description: Computer
product: X7DBP ()
vendor: Supermicro
version: 0123456789
serial: 0123456789
width: 64 bits
capabilities: smbios-2.4 dmi-2.4 vsyscall32
configuration: administrator_password=disabled boot=normal frontpanel_password=unknown keyboard_password=unknown power-on_password=disabled uuid=53D19F64-D663-A017-8922-0030487C1FEE
*-core
   description: Motherboard
   product: X7DBP
   vendor: Supermicro
   physical id: 0
   version: PCB Version
   serial: 0123456789
 *-firmware
      description: BIOS
      vendor: Phoenix Technologies LTD
      physical id: 0
      version: 6.00
      date: 05/29/2007
      size: 106KiB
      capacity: 960KiB
      capabilities: pci pnp upgrade shadowing escd cdboot bootselect edd int13floppy2880 acpi usb ls120boot zipboot biosbootspecification

  *-storage
         description: RAID bus controller
         product: 631xESB/632xESB SATA RAID Controller
         vendor: Intel Corporation
         physical id: 1f.2
         bus info: pci@0000:00:1f.2
         version: 09
         width: 32 bits
         clock: 66MHz
         capabilities: storage pm bus_master cap_list
         configuration: driver=ahci latency=0
         resources: irq:19 ioport:18a0(size=8) ioport:1874(size=4) ioport:1878(size=8) ioport:1870(size=4) ioport:1880(size=32) memory:d8500400-d85007ff