Если для продукта просто требуется замена файла .EXE, каким будет способ доставки этого обновления на несколько рабочих станций в крупном предприятии?
Является ли предпочтительным файл .MSP?
Или следует предоставить новый файл .MSI и рассматривать его как новую версию продукта?
Во многом зависит от размера программного обеспечения.
Если он достаточно мал, просто обновите MSI.
Если пакет ОГРОМНЫЙ, то MSP может быть лучше.
просто относиться к новой версии продукта?
Прочтите документацию, как должно работать управление версиями. ЭТО МОЖЕТ быть незначительным обновлением или нет, в зависимости от вашей политики. Я бы поставил это как мелкую модернизацию.