С apache я просто помещаю свой двоичный файл в cgi-binа как насчет nginx?
Поддерживает ли он cgi вообще?
Nginx не поддерживает CGI, потому что он не порождает внешние процессы. Это дизайнерское решение: Nginx - это высокопроизводительный веб-сервер, и запуск внешнего процесса - довольно дорогостоящая операция.
Однако он поддерживает FastCGI и UWSGI.