Лучше ли разместить два разных веб-сайта на одном экземпляре Tomcat?

тот же момент в порядке. это зависит от того, насколько загружены сайты, и нужна ли особая конфигурация и загруженные модули, но обычно проще поддерживать один экземпляр.

Два экземпляра tomcat были бы «свиньей памяти» и не имели бы преимуществ в производительности. Обрабатывайте любые уникальные хосты и т. Д. С помощью прокси-сервера apache для tomcat и обслуживайте сайты через apache.