Различное количество элементов после каждого ALTER TABLE;
В этой таблице нет новых записей. Та же ошибка в 10.3.8-MariaDB и 10.2.6. Что могло вызвать это?
И это тоже странно.
Учитывая, что Постоянная статистика InnoDB являются только оценочной статистикой, можно ожидать, что значения изменятся. Увеличение innodb_stats_persistent_sample_pages должно повысить точность.