Мне нужно отключить suhosin для моего каталога moodle, если бы файл .htaccess отключил его только для этого каталога, или это отключило бы его для всего сайта?
Неважно, я исправил это с помощью <Directory> атрибут.
Файл .htaccess (файл конфигурации Apache для каждого каталога) применяется только к этому каталогу и всем дочерним каталогам. Итак, да, теоретически использование соответствующей директивы в этом файле .htaccess отключит Suhosin только для этого каталога.