Установите igraph пакета R 3.2.3 на CentOS 5.11

** Вместо того, чтобы голосовать против, можно указать, как можно улучшить публикацию. Спасибо!

Я пытаюсь установить igraph для R (3.2.3), который установлен в системе CentOS 5.11. Хвост ошибки выглядит так:

foreign-graphml.c:65: warning: excess elements in struct initializer
foreign-graphml.c:65: warning: (near initialization for ‘blankEntityStruct’)
foreign-graphml.c: In function ‘igraph_read_graph_graphml’:
foreign-graphml.c:1330: error: ‘XML_PARSE_HUGE’ undeclared (first use in this function)
foreign-graphml.c:1330: error: (Each undeclared identifier is reported only once
foreign-graphml.c:1330: error: for each function it appears in.)
make: *** [foreign-graphml.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘igraph’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/igraph’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpBDaixr/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning message:
In install.packages("igraph") :
  installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status

XML_PARSE_HUGE застрял у меня. Быстрый Google обнаружил, что он не появляется до libxml2 2.7.3 (https://lists.nongnu.org/archive/html/igraph-help/2015-10/msg00022.html). Похоже, мне нужно создать более новую версию для машины, которая встречалась на этом сайте раньше по ссылке ниже.

Установите libxml2 2.7.X на CentOS 5.X

Когда я запускаю установку для него с

yum localinstall --nogpgcheck /usr/src/redhat/RPMS/x86_64/libxml2-2.7.8-1.x86_64.rpm

Я получаю это на хвосте

Error: Missing Dependency: libxml2.so.2 is needed by package eel2-2.16.1-1.el5.i386 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2 is needed by package evolution-data-server-1.12.3-18.el5.i386 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2 is needed by package 1:gnome-utils-2.16.0-5.el5.i386 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2 is needed by package libxslt-1.1.17-4.el5_8.3.i386 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2 is needed by package 7:kdenetwork-3.5.4-13.el5_6.1.i386 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2 is needed by package gnome-media-2.16.1-3.el5.i386 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2 is needed by package gnome-pilot-2.0.13-16.i386 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2 is needed by package 1:control-center-2.16.0-16.el5.i386 (installed)
You could try using --skip-broken to work around the problem
You could try running: package-cleanup --problems
                    package-cleanup --dupes
                    rpm -Va --nofiles --nodigest

Я подумал, может, вместо этого ему нужен 32-битный пакет

rpmbuild --target i386 -ba /usr/src/redhat/SPECS/libxml2.spec
yum localinstall --nogpgcheck /usr/src/redhat/RPMS/i386/libxml2-2.7.8-1.i386.rpm 

Какие хвосты

Error: Missing Dependency: libxml2.so.2()(64bit) is needed by package gtkhtml2-2.11.0-3.x86_64 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2()(64bit) is needed by package nautilus-2.16.2-10.el5.x86_64 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2()(64bit) is needed by package libgnome-java-2.12.4-3.fc6.x86_64 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2()(64bit) is needed by package nautilus-cd-burner-2.16.0-7.el5.x86_64 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2()(64bit) is needed by package gnome-spell-1.0.7-3.1.x86_64 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2()(64bit) is needed by package 1:gnome-utils-2.16.0-5.el5.x86_64 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2()(64bit) is needed by package gok-1.2.0-2.el5.x86_64 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2()(64bit) is needed by package libglade-java-2.12.5-3.fc6.x86_64 (installed)
Error: Missing Dependency: libxml2.so.2()(64bit) is needed by package evolution-webcal-2.7.1-6.x86_64 (installed)
You could try using --skip-broken to work around the problem
You could try running: package-cleanup --problems
                    package-cleanup --dupes
                    rpm -Va --nofiles --nodigest

Я немного нервничаю, пытаясь использовать --skip-broken и package-cleanup, поскольку мне нужен надежный патч для миграции к / из изменений (он находится на производственной машине), и я не так разбираюсь во всем этом как и должно быть. Мне, возможно, придется раскрутить виртуальную машину, чтобы продолжить. В конечном итоге все, что я ищу, - это работающий в системе пакет Rigraph. У кого-нибудь есть идеи?