PHP-FPM не работает с htaccess

у меня есть VirtualHost:

<VirtualHost *:80>
DocumentRoot "/var/www/html/example.com"
ServerName example.com
ServerAlias *.example.com
<Directory "/var/www/html/example.com">
    Require all granted
    Options -Indexes +FollowSymLinks -ExecCGI
    AllowOverride All
    DirectoryIndex index.php
    <IfModule mod_proxy_fcgi.c>
        RewriteEngine On
        RewriteBase /
        RewriteOptions InheritBefore        
        RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f
        RewriteRule ^([^\.]+\.php)$ fcgi://127.0.0.1:9000/var/www/html/example.com/$1 [L,P]
    </IfModule>
</Directory>
</VirtualHost>

И .htaccess файл, расположенный в /var/www/html/example.com/mysub/.htaccess. Внутри .htaccess файл, у меня есть:

Options -MultiViews
RewriteEngine On
RewriteBase /mysub

Options +FollowSymLinks

RewriteCond $1 !^(index\.php|assets|css|js|favicon\.ico|robots\.txt)

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -s [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -l [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d

RewriteRule ^.*$ - [NC,L]
RewriteRule ^.*$ index.php [NC,L]

Проблема: Я могу перейти к example.com в моем браузере все в порядке. Однако, если я попытаюсь перейти на example.com/mysub, это показывает мне example.com/index.php вместо того example.com/mysub/index.php.

Я полагаю это означает $1 в VirtualHost RewriteRule не содержит mysub префикс каталога? Это почему? Я подумал, что, возможно, проблема в RewriteBase (которая отличается) в обоих файлах, но ее изменение не повлияло на результат.

Я считаю, что проблема в модуле VirtualHost mod_rewrite. На другом сервере (Centos 5) сайт работает отлично (хотя я не использую php-fpm). Я бы предпочел не изменять htaccess, поскольку он является частью стороннего кода.

PHP 5.4; CentOS 7; Apache 2.4

РЕДАКТИРОВАТЬ: Это работает, когда я перемещаю перезаписи htaccess в файл VirtualHost и изменяю пути для работы с базой /. Это не идеально, поскольку сторонний код можно обновить в любое время с помощью модифицированного htaccess.