Мне интересно - лучше использовать стек LAMP из дистрибутива или установить его самостоятельно? Я имею в виду, можно ли просто использовать apt-get install apache2 (...) или лучше просто скачать программу, распаковать в свой каталог?
Определение лучшего - это все-таки тяжелая тема. Этот стек LAMP должен быть размещен как одна из многих служб на одном компьютере, открытый для мира некоторым обратным прокси (nginx?). Возможно, я захочу использовать два или три разных экземпляра Apache2 (можно?). Мне нравится управляемость приложений, содержащихся в простом каталоге. Затяжка, и они ушли. Я также думаю, что легко могу просто создать нового пользователя и ограничить его одним и только одним каталогом.
С другой стороны, как новичок, я чувствую, что менеджеры пакетов подготовили все более безопасным образом, думал о многих проблемах, о которых я, наверное, даже не могу думать. Также намного проще оставаться в курсе с помощью всего одной команды.
Мой вопрос: используются ли в моем случае пакеты по умолчанию?
Я не хочу показаться покровительственным, но, как вы утверждаете, вы новичок, и я бы порекомендовал новичку, чтобы все было как можно проще и придерживалось пакетов и возможностей дистрибутива. Я лично рекомендую не запускать несколько экземпляров Apache на сервере, если вам нужна такая безопасность, подумайте о таких вещах, как Xen, Kvm или даже Docker.
Тем не менее, я работаю в компании системных администраторов, и мы, как правило, стараемся оставаться максимально верными дистрибутиву. Это самый простой способ использовать решения, которые уже предоставил сопровождающий. Но я признаю, что иногда найти такие решения может быть непросто. Тем не менее, Serverfault может помочь в этом!