Если конфиги с поддержкой conf содержат директивы Alias и разделы каталога, к какому VHost они применяются - ко всем на сайтах с поддержкой или к исходному (первому)?
Директивы применяются к директиве Virtualhost, в которой они определены, или к глобальной конфигурации, если они не находятся внутри нее.
Чтобы просмотреть приоритет конфигурации, вы можете выполнить:
# apache2ctl -S