У меня есть настраиваемая установка PHP, которую я скомпилировал, потому что упакованная версия была слишком старой для моего проекта.
Мне нужно будет установить APC, мне нужно перекомпилировать PHP, чтобы добавить модуль APC, или есть другой способ?
Нет, не знаешь. Самый простой способ установить модуль APC - использовать PECL, как описано здесь: http://php.net/manual/en/apc.installation.php.