Как я могу создать файл auto.home для монтирования определенных / домашних каталогов через локальный диск, а других - через NFS?
Вы должны использовать autofs пакет, который может сделать это за вас.
В /etc/auto.master вы должны поместить:
/home /etc/auto.home
И в /etc/auto.home:
user1 my.other.machine:/path/to/user1