Я хочу добавить запись A для поддомена и ищу файл с актуальными настройками зоны. Файлы /var/ named/ named.local и /var/ named/localdomain.zone имеют только настройки localhost, а не мой фактический домен mydomain.com. Итак, где находится файл настроек зоны в конфигурации Centos 5 + Lxadmin по умолчанию?
Вы действительно используете BIND? В этом случае файл named.conf или один из включенных в него файлов должен сообщить вам, что и где находится файл зоны. Если его нет в списке, значит, BIND не обрабатывает этот домен, и вам необходимо определить, что это за домен.
Bind использует chroot на основе /var/named/chroot. Вы пытались заглянуть в /var/named/chroot/var/named? Вероятно, файл в этом каталоге с именем mydomain.com.zone или mydomain.com. named.
дебиан вставляет вещи /var/cache/bind по умолчанию (или, по крайней мере, мне кажется). Стоит взглянуть.