Итак, мой пакет работает. Проблема в том, что он не удаляет старую версию во время установки. Если я запустил установку в локальной системе, она будет работать нормально.
Вот используемая мной командная строка:
jre-6u16-windows-i586-s.exe / тихо
Используемая нами командная строка
160_11\jre-6u11-windows-i586-p-s.exe /qn JAVAUPDATE=0 AUTOUPDATECHECK=0 REBOOT=Suppress
Это удаляет предыдущий точечный выпуск, но не удаляет предыдущие основные выпуски (например, если бы у нас раньше была версия 1.6 u05 на машине, которая будет обновлена, но версия 1.5.x останется.
Мы делаем это по причинам обратной совместимости (что всегда является основной проблемой Java).