Я предполагаю, что sshd.service контролирует запуск службы ssh, а sshd_config - как она запускается.
Действительно, два файла конфигурации предназначены для разного программного обеспечения.
sshd_config настраивает поведение sshd, а sshd.service настраивает systemd для его запуска.