У нас есть IIS, работающий с несколькими приложениями .NET 4.6.1, не вызовет ли это каких-либо проблем, если на него будет распространяться пакет хостинга сервера .NET Core и приложение .NET Core?
Учитывая, что вы не можете удалить .net с современного сервера, очевидно, что они могут сосуществовать.
Вам даже не нужно устанавливать ядро .net, если вы загружаете автономные приложения, которые имеют собственную среду выполнения - все, что вам нужно для установки, это пакет хостинга, который содержит необходимый адаптер.