Где планировщик задач хранит свои файлы в Windows Server 2008?

Информация о задаче хранится в %WINDIR%\System32\Tasks (или C:\Windows\System32\Tasks). Похоже, что они хранятся в виде одного файла для каждой задачи в формате типа XML.

Затем на них ссылаются из реестра в HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Schedule\TaskCache

Не знаю насчет 2008 года, но 2003 хранит их в %WINDIR%\Tasks. Если вы откроете свойства запланированной задачи, полный путь будет указан прямо в верхней части окна.