Мой основной сайт доступен по адресу www.example.com, поэтому должен ли мой файл виртуального хоста nginx с именем www.example.com, а не example.com, избежать поиска переменной server_name www в других блоках файлов виртуальных хостов?
То же самое применимо к apache ?, www.example.com.conf, а не example.com.conf
Это имеет смысл, или оба варианта не учитывают www. в именах файлов по умолчанию?
... чтобы избежать поиска переменной server_name www в других блоках файлов виртуальных хостов
Имя файла (почти) не имеет значения для httpd-сервера. Когда система запускается, содержимое файлов conf считывается и кэшируется в памяти. Любой поиск выполняется в этом кэше со скоростью памяти.
... так должен мой файл виртуального хоста nginx с именем www.example.com, а не example.com
Используйте то, что вам больше всего подходит. Лично я использую основное имя для именования файлов conf.
Файлы конфигурации загружаются в порядке именования файлов и анализируются внутри, поэтому после загрузки при запуске доступ к ним осуществляется через хэш, поэтому в моем опыте это не имеет большого значения. Я бы предпочел сохранить VirtualHosts в домене вместе, поэтому назвал бы виртуальные хосты для домена.