Я создал сертификат для своего сервера Apache 2.4. Для проверки моего сервера letsencrypt создал папку .well-known и получил к нему доступ.
Нужно ли мне поддерживать доступ к этой папке (для продления сертификата) или я могу удалить / заблокировать папку?
Да, это необходимо каждый раз при продлении сертификата. Вам все равно нужно убедиться, что вызывающая система контролирует ресурс.
Lets Encrypt может создать новый каталог при обновлении ssl. Итак, да, вам нужен каталог для обновления, но вы можете удалить его после первой проверки или обновления.