Я использовал две базы данных SQL Azure, и они автоматически синхронизировались с помощью этой службы: http://www.windowsazure.com/en-us/documentation/articles/sql-database-get-started-sql-data-sync/
Теперь одна из баз данных была перемещена на виртуальную машину Azure.
Как их теперь синхронизировать? Синхронизация данных SQL Azure, похоже, позволяет выбрать только базу данных SQL Azure.
Нашел ответ: пришлось установить Агент клиента синхронизации данных SQL на сервере, то он появится в Azure Management: