У меня есть сервер Ubuntu и рабочий стол Windows 8. Сервер поддерживает подключение по протоколу IPv6, а настольный компьютер - нет, поэтому есть ли способ использовать OpenVPN ТОЛЬКО для пересылки трафика IPv6 в VPN, а весь остальной трафик оставить без изменений?
Абсолютно.
Не настраивайте никаких route варианты на стороне клиента, или push "route ..." опции серверные; добавлять маршруты только для подсетей IPv6 (используя route-ipv6). Тогда по VPN будет маршрутизироваться только трафик IPv6.
Если вы хотите направить весь трафик IPv6 через VPN, нажмите маршрут по умолчанию (::/0). В противном случае продвигайте любые маршруты, которые вы в противном случае сделали бы.
Вы, наверное, уже знаете, что вам также нужно использовать варианты ipv6 (tun-ipv6, ifconfig-ipv6, и т.д.).