Поддерживает ли Heroku MySQL (особенно ядро базы данных InnoDB)?
Я вижу, что есть надстройка ClearDB, но в ней не указано, поддерживает ли она InnoDB или нет.
Сам Heroku обеспечивает только прямую поддержку PostgreSQL. Многие приложения (особенно в Rails) можно перенесен с MySQL на PostgreSQL с небольшой проблемой.
В ситуациях, когда вы не можете легко выполнить миграцию, вы можете использовать стороннее дополнение Heroku.