Я хотел бы знать, как настроить мой VPS, чтобы он только доступен с использованием sub.domain.com, и не domain.com. Кто-нибудь знает, как это сделать?
Укажите domain.com A запись еще где и www. на IP-адрес вашего сервера.
Лучшим вариантом было бы 301 перенаправить domain.com на sub.domain.com, поэтому, если пользователь вводит domain.com, он отображается как sub.domain.com
SImple: не определяйте IP-адрес для domain.com, только один для sub.domain.com.