После того, как я возился с папками /usr/bin, /usr/lib и /usr/lib64 Я восстановил их, но не смог su в корень (и, возможно, в другие учетные записи):
Permissions on the password database may be too restrictive
Эта ошибка отображается только для непривилегированных пользователей. Более того, это вызывает проблемы с программами, которым также требуются права root, поэтому я не могу «переключиться» в режим администрирования из моей обычной учетной записи.
Оказалось, что это связано с тем, что не все разрешения были восстановлены. В частности, setuid укусил /usr/bin/su не было установлено.
После исправления этого (как root) с помощью:
chmod u+s /usr/bin/su
я мог su как непривилегированный пользователь и использовать графические инструменты, которые зависят от прав root.