Я хочу установить nodejs и nginx на Ubintu Server 12.4 и настроить их для надежной работы. Можете ли вы дать ответы на следующие вопросы:
nodejs доступен в виде пакета на Precise:
http://packages.ubuntu.com/precise/nodejs
Итак, достаточно запустить apt-get install nodejs nginx и пусть специалисты по сопровождению пакета позаботятся об установке.
Существует множество документации по настройке nginx в качестве прокси; просто посмотри вокруг. Например, вот официальная документация прокси-модуль.
Местоположение файлов проекта зависит от вашего проекта. Им потребуются разрешения, чтобы пользователь, запускающий nodejs, мог получить к ним доступ.