Похоже на то вызов функции set_time_limit не имеет никакого эффекта, когда php работает с mod_fcgid (по умолчанию в webmin). Может кто подскажет, как заставить работать?
Убедитесь, что вы редактируете /etc/php5/cgi/php.ini и после его редактирования вы перезапустите php-cgi. Команда для этого должна быть sudo /etc/init.d/php-fastcgi restart
Редактировать:
Чтобы увеличить срок, вам нужно найти max_execution_time в вашем php.ini. Значение по умолчанию - 30 секунд. Это необходимо, если PHP работает в безопасном режиме.
Чтобы отключить безопасный режим, найдите safe_mode в php.ini и отключите его.
Видеть Страница конфигурации среды выполнения PHP для получения дополнительной информации об этом.