Я считаю, что SFTP очень медленный в WinSCP, особенно когда нужно передать много небольших файлов. Будет ли FTP через туннель SSH быстрее?
Туннелирование FTP через SSH добавит дополнительный уровень накладных расходов к процессу.
Вам, вероятно, лучше придерживаться SFTP.
Возможно, вам стоит попробовать переключить WinSCP в режим SCP и посмотреть, улучшит ли он производительность.