Поскольку .NET 4 обратно совместим, нельзя ли настроить все пулы приложений для использования .NET 4 без изменения вашего веб-сайта? Или нужно будет обновить web.config просто из изменения пула приложений?
В определенных случаях вам нужно будет обновить свой web.config, в частности, при использовании .NET 3.5 вам нужно будет очистить web.config от всех определений разделов, которые были добавлены к нему, для таких вещей, как System.Web.Extensions в противном случае вы столкнетесь с ошибками в конфигурации, говорящими о дублировании элементов в коллекции.