У меня есть чистая установка TFS 2010 (установка с одним сервером) с Sharepoint и SSRS. Все работает отлично, кроме всплывающего окна аутентификации, когда я пытаюсь получить доступ к отчетам или порталу проекта с IE. Перечитал много документов, но безуспешно :(
Убедитесь, что сайт идентифицируется как местная интрасеть - если нет, добавьте его. Убедитесь, что на настраиваемом уровне для зоны интрасети установлен флажок - автоматический вход только в зону интрасети. Существуют и другие варианты, которые могут быть подходящими для вашей среды, но они должны указать вам правильное направление.