Я использую mongrel + apache 2.2 + mod_proxy_balancer.
apache2.2 хорошо IPv6 http://httpd.apache.org/docs/2.2/en/bind.html#ipv6
У Mongrel хорошо работает IPv6?
Если вы используете Apache перед mongrel, соединение между ними является локальным для хоста. Следовательно, дворняге все равно, какой протокол используется для связи с клиентом, поэтому это не проблема.
Тем не менее, я не знаю, говорит ли дворняга ipv6 или нет, но я предполагаю, что это, вероятно, так, из коробки.