Ошибка mysql исчезла случайно

У меня есть веб-приложение, написанное на php. В этом приложении у меня есть скрипт (CLI), который очень тяжелый. После того, как этот сценарий завершает свою работу, я получаю сообщение об ошибке «mysql ушел» в моем обычном HTTP-запросе в течение нескольких минут. Например, в последний раз мой скрипт завершил свою работу около 22:38, и следующие 3 минуты я получал «mysql ушел».

Это подключения к серверу mysql (данные Mysql):

И подключения к mysql (используя что-то вроде netstat):

P.S: большинству http-запросов удается без проблем открывать соединение с mysql.

P.S: Через несколько минут у меня перестает появляться эта ошибка (22:42 в графике). P.S: я получаю эту ошибку при открытии соединения с использованием PDO php или когда я хочу выполнить оператор.

P.S: загрузка процессора вполне нормальная