Хотя без дополнительных деталей сложно сказать, я подозреваю, что это связано с задержкой подключения томов к вашему экземпляру во время запуска. Посмотри это сообщение на форуме для получения дополнительной информации, но я думаю, вы можете добавить немного ожидания в свой UserData сценарий, например:
# Wait for the EBS volume to show up
while [ ! -e /dev/sdh ]; do echo Waiting for EBS volume to attach; sleep 5; done