Вы развертываете приложение Python, которое использует свой собственный virtualenv с библиотеками, отличными от библиотек, установленных системой, и вам необходимо установить эти библиотеки наилучшим образом.
Я спрашиваю об этом, потому что ясно, что двоичный файл перейдет в /usr/local/bin, а ресурсы приложения - в /usr/local/share/application но я не знаю, существует ли соглашение о таких данных.
Где вы храните virtualenv? /usr/local/share/application, /srv/application, /var/local/application?
Традиционно я бы сказал
/usr/[local]/libexec/application
https://refspecs.linuxfoundation.org/FHS_3.0/fhs/ch04s07.html
https://www.gnu.org/prep/standards/html_node/Directory-Variables.html
Последние дистрибутивы могут больше не использовать отдельный каталог libexec и просто использовать /usr/lib[64]. Если вы используете систему сборки, такую как autoconf / automake, вы можете использовать переменную $ (libexecdir), и она будет правильной для любого дистрибутива.