Назад | Перейти на главную страницу

Alpine Shell не может найти файл в докере

Я установил простой док-контейнер с Alpine и инструмент под названием bowtie2. Когда я пытаюсь бежать bowtie2-align-s, Я получаю эту ошибку:

sh: ./bowtie2-align-s: not found

Тем не мение, ls говорит мне, что файл есть. Я установил bowtie2 из бинарного дистрибутива Linux. Как мне узнать, совместим ли этот дистрибутив с Alpine Linux? Я запускаю docker 17.09.0-ce на Ubuntu 16.04.

Вот полный Dockerfile:

FROM alpine:3.6

ENV BOWTIE2_VERSION 2.2.8

RUN apk add --no-cache \
        perl \
        wget \
        openssl \
        ca-certificates \
        strace \
    && wget https://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/$BOWTIE2_VERSION/bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip \
    && unzip -d /usr/local bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip \
    && rm bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip

Я тестирую это так:

$ sudo docker run -it --rm --security-opt seccomp:unconfined bowtie2-bin sh
/ # /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s --version
sh: /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s: not found
/ # ls -l /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s
-rwxr-xr-x    1 root     root      11600541 Nov 15 18:49 /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s
/ # strace -v -s 1000 /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s --version
execve("/usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s", ["/usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s", "--version"], ["HOSTNAME=a72609479c9a", "SHLVL=1", "HOME=/root", "TERM=xterm", "PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin", "BOWTIE2_VERSION=2.2.8", "PWD=/"]) = -1 ENOENT (No such file or directory)
writev(2, [{iov_base="strace: exec: No such file or directory", iov_len=39}, {iov_base="\n", iov_len=1}], 2strace: exec: No such file or directory
) = 40
writev(2, [{iov_base="", iov_len=0}, {iov_base=NULL, iov_len=0}], 2) = 0
getpid()                                = 11
exit_group(1)                           = ?
+++ exited with 1 +++
/ #

Я запускаю докер с неограниченным доступом, чтобы разрешить strace бежать. Ты это видишь ls находит файл, но sh не кажется. strace похоже, не отображается доступ к другим файлам, так что же происходит?

Благодаря Комментарий BMitch, Я нашел ответ. Мне нужен был libc6-compat пакет для совместимости с GNU libc. Вот исправленная версия файла докера:

FROM alpine:3.6

ENV BOWTIE2_VERSION 2.2.8

RUN apk add --no-cache \
        perl \
        wget \
        openssl \
        ca-certificates \
        libc6-compat \
        libstdc++ \
    && wget https://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/$BOWTIE2_VERSION/bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip \
    && unzip -d /usr/local bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip \
    && rm bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip

У меня также он заработал, когда я построил bowtie2 из исходников, так что я думаю, что буду с этим. Я не уверен, насколько надежен пакет совместимости.

Если вам нужны все подробности, мне пришлось установить file пакет, чтобы следовать предложению BMitch:

$ sudo docker run --rm -it bowtie2-bin sh
/ # apk update
fetch http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/v3.6/main/x86_64/APKINDEX.tar.gz
fetch http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/v3.6/community/x86_64/APKINDEX.tar.gz
v3.6.2-201-g6289c8472a [http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/v3.6/main]
v3.6.2-203-g6070fe8ac2 [http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/v3.6/community]
OK: 8438 distinct packages available
/ # apk add file
(1/2) Installing libmagic (5.32-r0)
(2/2) Installing file (5.32-r0)
Executing busybox-1.26.2-r7.trigger
OK: 50 MiB in 21 packages
/ # file /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s
/usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked, interpreter /lib64/ld-linux-x86-64.so.2, for GNU/Linux 2.6.9, with debug_info, not stripped

Переводчик interpreter /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 мне показалось подозрительным, а в Alpine Linux нет /lib64 папка. Небольшой поиск нашел связанное обсуждение:

Бинарный файл, который вы пытаетесь запустить, связан с GNU libc, поэтому он не будет работать, как и бинарные файлы, скомпилированные для Windows или OSX.

Тем не менее, musl libc обеспечивает частичную совместимость с GNU libc, что означает, что некоторые двоичные файлы действительно будут работать, даже если нет никаких гарантий. Пытаться apk add libc6-compat. Это может работать, а может и не работать.

Я попробовал это и обнаружил, что мне также нужен libstdc++ пакет. Теперь он работает достаточно хорошо, чтобы сообщить номер версии.