С конфигурацией Apache / mod_rewrite ниже я получаю 403 запрещенную ошибку для любых сценариев CGI в корне / var / www / Я не получаю никаких ошибок для статических файлов.
Скрипты из корневого каталога, т.е. /var/www/random/script.cgi, работают нормально, без ошибок.
С выключенным RewritedEngine скрипты CGI работают нормально даже в корне / var / www /
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin webmaster@localhost
DocumentRoot /var/www
<Directory />
Options FollowSymLinks
Options SymLinksIfOwnerMatch
AllowOverride All
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
</IfModule>
</Directory>
<Directory /var/www/>
Options +ExecCGI
Options SymLinksIfOwnerMatch
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
AddHandler cgi-script .cgi
DirectoryIndex index.cgi
</Directory>
<Files "index.cgi">
SetHandler perl-script
PerlHandler ModPerl::PerlRunPrefork
Options ExecCGI
PerlSendHeader On
allow from all
</files>
Попробуйте скопировать работающий скрипт в корень и посмотрите, работает ли он, если это что-то не имеет отношения к conf. Используйте флаг -p для cp, чтобы сохранить такие вещи, как разрешение на выполнение. Например:
cp -p /var/www/random/script.cgi /var/www/script.cgi