Я пробовал поставить extension=/usr/lib/php5/20121212/phalcon.so в /etc/php5/fpm/php.ini, когда это не сработало, я поместил это в /etc/php5/cli/php.ini а когда это тоже не сработало, я наконец вставил это в /etc/php5/mods-availavle/phalcon.ini и это все еще не сработало. Я перезапускал и php5-fpm, и nginx после каждого изменения. Я также пробовал с путем и без
Я использую ubuntu 14.04, но у меня была такая же проблема с 12.04