Или, если нет, есть ли способ заставить yum знать о них? Запрашивает ли 'rpm -qa' и 'yum list installed' один и тот же источник?
Обе команды используют файлы rpm db в / var / lib / rpm /, yum - это только скрипт Python для управления rpms
Yum знает о пакетах, которые устанавливаются или обновляются с помощью команды rpm. В качестве доказательства, например, вы можете вручную установить устаревшую версию пакета, доступную в исходном репозитории через rpm -ivh <package> а затем запустить yum clean all && yum update и он обновится.