Необъяснимое чрезмерное время отклика базы данных - очень мощное оборудование, небольшая база данных

У меня странная проблема, которая постоянно беспокоила меня на 3 разных серверах.

Эта проблема

См. График NewRelic, показывающий огромное количество времени, проведенного в базе данных.

Оборудование;

Изначально у меня был мощный VPS, но с переизбытком подписки, и я решил, что это проблема. Затем я перешел на полностью выделенный сервер, который был не очень мощным (но мой все мое), двухъядерный Athlon, 4 ГБ оперативной памяти, диск 250 ГБ, Ubuntu 13.10, соединение 100 Мбит / с.

Теперь я перешел на полностью выделенную коробку с Xeon E3-1270 V2 3,5 ГГц, 4 ядра, 8 логических ядер, 16 ГБ оперативной памяти DDR3, диск 1 ТБ, Ubuntu 13.10, соединение 1 ГБ / с. Средняя загрузка сервера никогда не превышает 0,08.

Приложение

Это простой небольшой форум PHP SMF.

База данных

... всего 20 МБ, 100 таблиц, в основном InnoDB. Он в основном предназначен для чтения, и все простые запросы, получение и установка данных, никакой "работы" в БД не выполняется.

База данных - Percona MySQL 5.6; Вот его конфиг; http://pastebin.com/yYCawtby

Включены журналы медленных запросов; нет "медленных запросов".

Если кто-нибудь может дать совет о том, как я могу решить эту проблему, я был бы очень признателен. Спасибо.

РЕДАКТИРОВАТЬ: вывод IOTop;

EDIT2: CPU / MEM;

EDIT3: результат;