Вы можете сделать pkg set -A ... установить автоматический флажок, но как это сделать? pkg query для всех пакетов с установленным автоматическим флагом? Я вижу, ты можешь сделать pkg query -e '%#r != 0', но это точно не то же самое.
Из страница руководства, пытаться:
pkg query -e '%a = 1' %o