Я понял следующее:
GP:
Конфигурация пользователя -> Административные шаблоны -> Internet Explorer -> Панель управления Интернетом -> Список назначений сайта для зоны.
Если я включу его и добавлю сайт со значением 2, все мои пользователи получат это в своих настройках как разрешенное.
Проблема в том, что при этом удаляются все предыдущие настройки зоны пользователя.
Кто-нибудь знает, как я могу этого избежать?