У меня последняя версия apache под Arch Linux. Вот экран:
альтернативный текст http://uppix.net/f/a/b/1f323092f2485e2f1e8e59c3744bf.png
[ockonal@wincode public_html]$ ls -l
total 1
drwxr-xr-x 10 ockonal users 432 May 2 16:48 site
drwxrwxrwx 11 ockonal users 1456 Feb 20 23:24 unvisible
Зачем?
Apache httpd обычно не отображает каталоги или файлы, требующие какой-либо проверки подлинности (например, через обычную проверку подлинности) или доступ к которым разрешен только с определенных IP-адресов или подсетей. Это «функция» предотвращения раскрытия информации.