Я перехожу на CentOS из Fedora, я знаю, что у них общая база, но мне нужно знать, есть ли какие-либо различия в структуре каталогов или файлах конфигурации.
Я бы использовал либо EPEL, либо RPMForge но не оба. Если вы используете оба, вы столкнетесь с несовместимостью, и если вы попытаетесь их обойти, вы испортите свою систему.
Если вы собираетесь использовать CentOS 6, они должны быть довольно близки. Самое главное, что я хотел бы иметь в виду, - это использовать репозиторий EPEL. Fedora упаковывает гораздо более новое программное обеспечение, чем CentOS, поэтому при переходе на CentOS 6 вы захотите добавить его, чтобы иметь возможность устанавливать некоторые из необходимых приложений:
Я бы также рекомендовал добавить RPMForge как средство для приобретения пакетов, которые могут быть недоступны в стандартном дистрибутиве CentOS или репозитории Fedora EPEL.
Также см: http://wiki.centos.org/AdditionalResources/Repositories/RPMForge
Обычно я нахожу все, что мне нужно, в RPMForge, но при необходимости выбираю определенные пакеты из EPEL.