Я как раз устанавливал ntp на сервер ubuntu, который показывал неправильное время с точностью до минуты, и мне стало интересно, откуда вообще у него вообще какое-то время? Есть ли другой процесс, который устанавливает время при загрузке? Или это начальное время было просто засеяно при создании экземпляра виртуальной машины?
Скорее всего, он читает его из BIOS вашего сервера.